在解决完小次郎的家事后，小智旅行途中遇到了一名带着大葱鸭的骗子少年，看过原著的小智知道这个人本性不坏，所以也只是稍微教育了他一顿，就放他离开了。
之后，他们来到一处平原跟着一位大叔做着神奇宝贝决斗。
“妙蛙草！使出藤鞭！”
“达乃！”随着妙蛙草一记藤鞭，对方的铁甲犀牛被打转了一个圈，最后失去了战斗能力。
结束战斗后，小智也是和那名大叔握手致意。
“达乃？”妙蛙草感受到了周围有着不同寻常的能量，这时也是过来，询问着小智。
“你也感受到了吗？妙蛙草。”
“既然如此，那你就去吧。”小智对着妙蛙草点头，示意它可以离开了。
“达乃。”妙蛙草得到小智的允许后，也是默默离开了这里。
“小智！你们怎么啦？”
“妙蛙草为什么要离开？”小霞小刚也是不解地上前询问道。
“嗯…这个吗，你们就先不要问了，我晚点再跟你们解释。”
“你们只要知道，我最近一直让妙蛙草压制进化，就是为了等这一天！”小智自信的说道。
没错！其实妙蛙草早就可以进化了，但小智也是故意让它压制了那么久，为的就是利用这里一个祭典，让妙蛙草有质的飞跃，那样的话，它进化后的妙蛙花，就会像阿罗拉地区的霸主宝可梦一样，成为一个新任霸主。
小刚小霞闻言也是有些摸不着头脑，但也没再多问，他们认为小智应该是有自己的打算。
随后，一行人也是缓缓向着神奇宝贝中心走了过去…
………
等到了神奇宝贝中心后，众人先是补给了一波，然后吃了顿丰盛的晚餐，等到夜深人静后，小智带着小刚小霞偷偷溜出了神奇宝贝中心。
“小智，你要带我们去哪里啊？”小霞也是疑惑着。
“嘘！不要吵，不然会惊动……”
“刷！”
还不待小智说完，周围许多藤蔓向着他们疯狂袭来。
“危险！快跑！”小智一个波导之力打碎了那根藤蔓，然后带着众人疯狂地向前逃跑。
最后，在穿过一处藤蔓网的时候，身后的藤蔓形成了一堵巨墙，挡住了后退的道路。
等到安全以后，小智才跟他们缓缓解释道
“这里其实是妙蛙种子的不思议花园，白天的时候，我和妙蛙草都感受到了这里浓郁的自然能量，所以我才让它独自前往这里。”
“之前，我之所以一直压制着它进化的能力也是因为知道这里会有一场进化仪式，我想让妙蛙草通过这里的自然力量完成进化为霸主的蜕变！”
“霸主？”小刚对这个词有些不解。
而小智则是继续耐心地解释着
“霸主的概念其实是阿罗拉地区对于一些远超同族宝可梦中强大个体的解释。”
“身为霸主宝可梦，不仅体型要比一般宝可梦大上许多，技能的威力也会逐步增强，然后，最关键的是，它们还能一定程度上引用一些本系的自然能量。”
“就比如说，统治这里的就是一只霸主级别的妙蛙花，它的力量是远非一般的妙蛙花可比的，它甚至可以一定程度上改变一些自然现象，我当时收服妙蛙种子的时候，说的能改变自然现象的妙蛙花就是指这里的。”
“当然了，并不是说霸主神奇宝贝一定就比普通神奇宝贝强，归根结底最后还是要看训练家的水平，但现在有这个机会总比没有要好。”
“达卖！”
当小智说完，这里的霸主妙蛙花缓缓从树洞里走了出来。
“哇~好大哦！”小霞感叹道。
“这就是霸主妙蛙花的体型吗？”小刚也诧异着。
而小智此时也只能在心中默念
妙蛙草，能不能成为真正的霸主，就看今晚了！
你一定要成功啊！
“啊！”
“种子！”
就在这时，进化的仪式开始了……
随着妙蛙花和妙蛙种子们的大叫，妙蛙种子们一个个身体上也是闪烁着进化的光芒，纷纷进化为了妙蛙草。
而小智的妙蛙草躲在一旁，身体也是疯狂吸收着这里的自然能量，一直在想办法压制着自己身体的进化波动。
它想要能尽量多的吸收一些自然力量，靠着这股力量打破自己能量的临界点，最后能成功蜕化为霸主！
就在所有妙蛙种子进化完毕后，只剩下小智的妙蛙草在苦苦支撑，而妙蛙花也发现了它，当它发现妙蛙草在吸收这里的能量时，它也是明白了对方的意图，但它不但没有阻止，反而开始帮助妙蛙草吸收这些能量。
不得不说，神奇宝贝之中其实根本没有什么天生邪恶的说法，哪怕就是天性残暴的阿伯蛇和圈圈熊，那也只是它们的种族天性罢了。
最后，在妙蛙花帮助聚拢了庞大的自然能量后，妙蛙草终于突破壁垒成功进化为霸主级别的妙蛙花！
而小智的妙蛙花也是感激地看了一眼面前的妙蛙花，它知道如果没有对方的帮助，以自己的能力恐怕很难才能成功晋升为霸主级。
“太好了！你成功了！妙蛙花！”
就在这时，小智也是兴奋地跑了过来，一把保住妙蛙花的大脑袋。
“达卖！︿(￣︶￣)︿”妙蛙花也是欢乐地回应着小智，经过那么久的努力，它也终于成功晋级了。
就在一阵欢乐地庆祝后，小智也是走到妙蛙花面前，真诚的向它道谢
“妙蛙花！多谢你了，是你帮助妙蛙草成功进化，我这里有些品质不错的叶之石，就当给你们的谢礼吧。”说完，小智掏出叶之石，恭谨的放在妙蛙花面前。
“达卖！”妙蛙花也表示都是小意思，不用在意，但它还是收起了小智的叶之石，因为，叶之石上面的草系力量，对它来说，算是最好的零食…
“呀哈哈哈！”
“别忘了还有我们！”
听到这个声音，小智又无奈了，他知道，这个三个怨种每次都喜欢在这种大团圆的时候过来搅局。
“为了防止世界被破坏！
为了守护世界的和平！
……
就是这样！喵！”
“火箭队！我劝你们今天还是老老实实地退场吧！”
“否则一会挨揍，我可不负责哦！”小智也是好心提醒道。
“少废话！小鬼头！今天我们就是要抓走这里所有的神奇宝贝！”
“没错！你今天休想阻拦我们！”
“哎呦~每回都挑着人家开心的时候，过来捣蛋，这群家伙还真是讨厌呢。”小霞一脸嫌弃的说道。
“恐怕，今天他们要倒霉了。”小刚也是默默说着。
“吵死啦！看我们的秘密武器！”说完，小次郎掏出一个遥控器，操纵着热气球下的巨大吸尘器，想要将妙蛙花和妙蛙草全都吸走。
“他们如果去当科研人员的话，一定能赚得盆满
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